Ein weiteres Wahrzeichen Münchens ist die älteste erwähnte Pfarrkirche Sankt Peter, deren Turm im Volksmund Alter Peter genannt wird, und die vermutlich der Ursprung Münchens ist. St. Peter ist wohl die populärste Kirche Münchens, in Liedern besungen und sagenumwoben.

Die Kirche beinhaltet wichtige Werke wie z. B. den Schrenk-Altar von 1400 im Gotikstil, den barocken Taufstein von Krumper und die Rokoko-Seitenaltäre von Ignaz Günther.

Die Aussicht von seinem Turm ist bei schönem Wetter, nach Bewältigung der 306 Stufen hinauf, äußerst lohnend, da man bei Föhnwetter bis zu den Alpen sieht.

Die letzte große Bauphase wurde nach der Zerstörung im Zweiten Weltkrieg durch die Restaurierung und den Wiederaufbau im Jahre 1975 beendet.

1958 hat man bei Grabungen ein romanisches Gewölbe entdeckt, das dort anstelle des Alten Peters bereits zu Zeiten vor der Stadtgründung 1158 gestanden haben muss. Jahrhundertelang wurde darauf aufbauend die heutige Kirche erbaut. Der Innenbereich wurde vor allem durch die Rokokoumbauten im 18. Jahrhundert geprägt, der Außenbereich sogar teilweise aus der Renaissancezeit des 14. Jahrhunderts.

1944/45 wurde St. Peter weitgehend zerstört. Ein Wiederaufbau schien aus finanzieller Sicht unmöglich, und die Kirche wurde zum Abriss freigegeben. Auf Initiative zweier Stadtpfarrer rettete Michael Kardinal Faulhaber die Kirche und startete 1946 den Wiederaufbau, der durch die Restaurierung und den Wiederaufbau im Jahr 1975 beendet wurde. Die Rekonstruktion des Inneren, insbesondere die letzten Deckenfresken, dauerten noch bis ins Jahr 2000.